皇帝之后， 担心三大教派威胁朱家的江山，不只没有封赏三大教派的教众，反倒对三大教派大开杀戒。朱元章自已就是白莲教教徒，对三大教派了如指掌，是以他设下了毒计，先将白莲教和明教、弥勒教的首脑人物尽数害死，剩下的寻常教众失了主心骨，即便对朱元章不满，却也翻不起什么大浪。明教和弥勒教的教主中了朱元章的诡计，先后被朱元章残杀，两教的首脑人物和各分舵的舵主也尽数被杀，虽然还有不少明教弟子和弥勒教教众逃出生天，但是教主和教中的首脑人物被杀得干干净净，这些漏网之鱼也翻不起什么大浪。
“朱元章击垮了明教和弥勒教，但是白莲教教主和许多首脑人物却活了下来。这是因为白莲教教主一向由茅家族长出任，朱元章得势之初，已经有白莲教中的首脑人物看出他野心勃勃，一心想要自己做皇帝，绝对不会臣服于白莲教教主，是以这些首脑人物纠集了许多教中的长老和忠于茅家的教众，不惜甘冒奇险，渡过汪洋大海，一直逃到了扶桑国，试图躲过朱元章的追杀。后来朱元章与三大教派翻脸，杀戮三大教派的教众无数，不过白莲教教主和首脑人物早已逃走，朱元章虽然大发雷霆，杀掉了奉命剿杀白莲教的官员，但是一直没有找到白莲教的首脑人物，最后只得作罢。而那些逃到扶桑国的白莲教首脑人物和教众，尽数归属于茅家一族，百余年间在扶桑国开枝散叶，如今已有数万之众。这些人遥尊茅家为主公，发誓效忠茅家，要助茅家一臂之力，早日回归中土称王称霸。”