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木叶历五十六年，平静的一年，不过平静之下却暗潮涌动。作为这个时期的最天才的忍者，宇智波鼬小小年纪便是实力超群，成为暗部小分队队长，私下里也是四代火影暗中监视宇智波一族的间谍。
由于波风水门的怀柔政策，力排众议改变对宇智波一族的应对措施，不仅重用各个宇智波一族的族人，并且私下里经常和宇智波一族的人走动，促使本来应该叛变的宇智波一族在立场上产生了动摇。
经过十多年的政策改变，本来心中怨恨颇多的宇智波族人都变得搞不清楚状况，有人想要叛变但是有人想要安稳的生活在木叶村内。
当初针对宇智波一族的政策，是二代火影留下来的，三代将这种政策延续了下去，如果四代也继续延续下去，那么这个家族必定叛变，毕竟村子都真心对自己那么又何必在这里生活。
但是四代上台后，励精图治改变政策，真心对待宇智波一族，这点上所有的族人都感觉的出来，这让叛变这件事情成为了一件悬而不决的问题。
最后经过多次会议考量，宇智波富岳决定不叛变，这让一直观察父亲行动的鼬大舒一口气，庆幸避免了一次内战。
本来应该灭族的宇智波一族，安稳的活了下来，而鼬也没有叛变，一切看起来都是这么和谐，让那个暗中推动这件事情的人大为恼火。
……
木叶历六十年，这一年正是新生一代忍者学校毕业的那一年，作为秋道石铭的孩子秋道无敌，不像悲催的老爹和其他家族的孩子组成小队，而是和同期毕业的山中奈良两族的同龄人组成了队伍，至于带队老师却是石铭的弟子静音。
而由于没有九尾入侵事件，波风水门和玖辛奈也没有死掉，鸣人也没有成为九尾人柱力，并且他也不用因为姓‘波风’被有心人注意而招致祸端，所以现在的他叫做波风鸣人，承袭了父亲的名。
鸣人和佐助这两个主角，都没有了痛苦的童年而茁壮的成长，算是蝴蝶效应带来的不多的几件好事。
也就是毕业当天，当所有人都注意到那些新一代的孩子时，一个阴影潜入了一处新修不久的民宅，挖开地面之后进入了一个被掩埋很久很久的实验室，从一个特别装置当中取走了一瓶保存完好的试管，而里面装的是鲜红的血液。
这个地下实验室荒废了很多年，要不是之前的主人突然间想起这个实验室当中的东西，恐怕还不会潜藏很久的暗子过来。
等这个暗子出了木叶村，早就有一个黑衣人在等候着他，而当试管交接之后，这个黑衣人却是突然杀了这个暗子，保证事情不会暴露。
等时间过上几日，黑衣人终于离开了火之国的范围，也绕开了那处危险的森林，走到了田之国的范围内。
也在这个时候黑衣人才觉得安心，脱掉了身上的黑衣，展露出了自己的容貌，赫然是音忍五人众当中的‘娇花’多由也。
多由也早年也是和众多试验品一样，过着‘人不像人，鬼不像鬼’的生活，经常被拿来做实验，但却也很艰辛的活着。直到后来在一次“竞选”中打倒了众多的试验品，生存到最后和另外四个人组成了一个队伍。
摸了摸胸口处的试管，多由也的心也安稳下来，然后走向了大蛇丸在田之国建立的音忍村。
自从大蛇丸想要夺取轮回眼的想法暴露之后，他就被长门赶出了晓组织，然后在小小的田之国建立了音忍村，每日就是研究忍术和做实验，生活过的比谁都舒坦。
还没有到音忍村，多由也就转道走到了一处深山当中，然后走进了一处地下基地，准备将东西交给自己的主人大蛇丸。
此时的大蛇丸正在进行人体实验，将改良过的美食细胞注入人体之内，然后观察后续的反应，可惜这个人先是膨胀成了一个怪物，接着轰然-->>